In der Klassenpflegschaft arbeiten die Erziehungsberechtigten und die Lehrer einer Klasse zusammen. Zu Beginn des Schuljahres wird ein Klassenpflegschaftsvorsitzende/r und ein Stellvertreter gewählt, die die Leitung der Klassenpflegschaft übernehmen. Die Klassenpflegschaft berät unter anderem über Arbeitsgemeinschaften und Schulveranstaltungen außerhalb der Schule.
Die Vorsitzenden der Klassenpflegschaften bilden die Schulpflegschaft. Die Stellvertreter nehmen an den Sitzungen teil und stehen beratend zur Seite. Ebenfalls teilnehmen sollen der Schulleiter oder (und) sein ständiger Vertreter.
Der Vorsitzende der Schulpflegschaft und sein Stellvertreter werden von den Mitgliedern für die Dauer eines Schuljahres gewählt.
Die Schulkonferenz setzt sich aus gewählten Vertretern der Lehrerschaft, Schulpflegschaftsvorsitzenden, gewählten Elternvertretern und Schülersprechern zusammen, wobei die Schülersprecher nur beratende Funktion haben. Die Schulleitung lädt zur Schulkonferenz ein und steht beratend zur Seite. Das Aufgabengebiet der Schulkonferenz umfasst unter anderem das Schulprogramm, Beratung über Kooperationspartner, Festlegung der beweglichen Feiertage und der Schulhaushalt.
Zusätzlich zur Klassen- und Schulpflegschaft und der Schulkonferenz gibt es vielfältige Arten sich an der Agnes-Wenke-Schule einzubringen: z.B. die Gestaltung eigener Offener Mittagsangebote etc.